Sau khi chính thức lên ngôi vào năm 1481, John II đã thực hiện một loạt các biện pháp để hạn chế sức mạnh của tầng lớp quý tộc Bồ Đào Nha và tập trung sức mạnh vào chính mình. Là một trong những ví dụ về biện pháp mà ông ta đã thực hiện, ông đã tước đoạt các quý tộc về quyền quản lý công lý trên mảnh đất của họ.[1] Ngay lập tức, các quý tộc bắt đầu âm mưu chống lại ông. Các thư khiếu nại và lời thỉnh cầu can thiệp đã được trao đổi giữa Công tước Braganza và Nữ hoàng Isabella I của Castile.

Vua John đã đề phòng việc thương lượng lại thỏa thuận "Tercerias de Moura" để đảm bảo rằng con trai ông Afonso đã sống an toàn tại triều đình trước khi ông dẫn quân chống lại Braganza, một nhà quý tộc quyền lực nhất trong lãnh địa (bản thoả thuận ban đầu đã yêu cầu Afonso sống ở Moura, Bồ Đào Nha, với cô dâu tương lai người Tây Ban Nha của mình, Isabella, Công chúa của Asturias, còn trẻ con trước khi họ kết hôn).[2] Năm 1483, sự tương ứng bổ sung đã bị chặn bởi các gián điệp hoàng gia. Dòng họ Braganza bị cấm, đất đai của họ bị tịch thu và công tước bị hành quyết tại Évora. Người vợ góa của ông, Isabella của Viseu, cháu họ của và em dâu của John, chạy trốn cùng các con của họ đến Castile.[3]

Vào năm sau, Công tước xứ Viseu, em họ và em rể của John, được triệu hồi đến cung điện và bị chính nhà vua đâm chết vì nghi ngờ một âm mưu mới. Nhiều người khác đã bị hành quyết, bị sát hại, hoặc bị lưu đày tại Castile, bao gồm cả giám mục của Évora, người đã bị đầu độc ở trại giam. Sau cuộc đàn áp, không ai ở trong nước dám thách thức nhà vua và John không chứng kiến âm mưu nào khác trong suốt triều đại của ông. Một vụ tịch thu tài sản lớn theo sau và làm giàu cho triều đình, mà lúc đó đã trở thành sức mạnh chi phối của lĩnh địa